Windows7でテストしています。setup.exeでX-Windowを関連のソフトウェアもフルインストールされているとします。
[スタート]→[Cygwin Terminal]→右クリック→管理者として実行→はいを選択→ターミナルが起動してプロンプトが表示されるまで待つ→startx (と入力してEnter)